源文件查重是指通过专业的查重软件对提交的文档进行查重，检测文档中是否存在抄袭内容。而学校知网查重是指使用学校购买的知网系统进行查重，系统会自动与知网数据库进行比对，查找相似度高的文献。源文件查重更注重文本内容的原创性和学术道德，而学校知网查重更侧重于文献的学术来源和引用情况。

另外，源文件查重通常需要用户上传待检测的文档，而学校知网查重则可以直接在知网系统中进行操作，无需上传文档。此外，源文件查重的结果更加精准和具体，可以提供详细的查重报告，而学校知网查重则更注重文献的引用和来源，对于学术论文的撰写和引用有一定的指导作用。综上所述，源文件查重和学校知网查重在操作方式、结果呈现和应用场景上存在一定的差异。